ThS. Phạm Mai Duy Thông có gần15 năm hoạt động trong lĩnh vực quản lý môi trường,tin học môi trường. Trong thời gian qua ThS.Phạm Mai Duy Thông đã và đang tham gia 04 đề tài nghiên cứu khoa học thuộc các chương trình trọng điểm cấp nhà nước; chủ trì và tham gia thực hiện trên gần 30 đề tài,nhiệm vụ, dự án nghiên cứu và điều tra cơ bản, nghiên cứu ứng dụng công nghệ trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, ứng phó với biến đổi khí hậu tại Việt Nam.ThS. Phạm Mai Duy Thông đã chủ trì và tham gia tư vấn về đánh giá môi trường, cấp phép môi trường cho khoảng 100 dự án phát triển, cơ sở sản xuất dịch vụ; đã chủ trì và tham gia hơn 50 dự án giám sát và kiểm toán môi trường. Ngoài ra, ThS. Phạm Mai Duy Thông còn tham gia vàomột số dự án quốc tế về quản lý, bảo vệ môi trường tại Việt Nam (giám sát môi trường, triển khai các giải pháp sản xuất sạch hơn, sử dụng các mô hình toán để tính lan truyền ô nhiễm trong môi trường không khí, nước; áp dụng công nghệ GIS trong quản lý môi trường, kiểm toán môi trường, xây dựng kế hoạch quản lý môi trường; ứng dụng công nghệ thông tin trong lĩnh vực quản lý tài nguyên và môi trường, ứng phó với tác động của biến đổi khí hậu....). ThS. Phạm Mai Duy Thông tham gia tập huấn về nghiệp vụ và nâng cao nhận thức về môi trường cho một số bộ, ngành và địa phương. ThS.Phạm Mai Duy Thông hiện nay là chánh văn phòng phía Nam của Hội Bảo vệ thiên nhiên và Môi trường Việt Nam,thành viên Hội Nước và Môi trường TP.Hồ Chí Minh.