PGS.TS. Phùng Chí Sỹ có gần 40 năm hoạt động trong lĩnh vực khoa học công nghệ môi trường, hóa môi trường. Trong thời gian qua PGS.TS. Phùng Chí Sỹ đã và đang chủ trì 04 đề tài và tham gia 8 đề tài nghiên cứu khoa học thuộc các chương trình trọng điểm cấp nhà nước; chủ trì và tham gia thực hiện trên gần 170 đề tài, nhiệm vụ, dự án nghiên cứu và điều tra cơ bản, nghiên cứu ứng dụng công nghệ trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, ứng phó với biến đổi khí hậu tại Việt Nam. PGS.TS. Phùng Chí Sỹ đã chủ trì và tham gia tư vấn về đánh giá môi trường, cấp phép môi trường cho khoảng 500 dự án phát triển, cơ sở sản xuất dịch vụ; đã chủ trì và tham gia hơn 160 dự án giám sát và kiểm toán môi trường; đã thực hiện khoảng 65 dự án thiết kế và xây dựng phương án xử lý chất thải. Ngoài ra, PGS.TS. Phùng Chí Sỹ còn tham gia vào nhiều dự án quốc tế về quản lý, bảo vệ môi trường tại Việt Nam (giám sát môi trường, triển khai các giải pháp sản xuất sạch hơn, sử dụng các mô hình toán để tính lan truyền ô nhiễm trong môi trường không khí, nước; áp dụng công nghệ GIS trong quản lý môi trường, kiểm toán môi trường, xây dựng kế hoạch quản lý môi trường, xây dựng Chương trình Nghị sự 21 ngành Tài nguyên và Môi trường, xây dựng các chỉ số đánh giá nguồn tài nguyên và môi trường; ứng dụng công nghệ thông tin trong lĩnh vực quản lý tài nguyên và môi trường, ứng phó với tác động của biến đổi khí hậu....). PGS.TS. Phùng Chí Sỹ tham gia tư vấn trong lĩnh vực xây dựng pháp luật trong lĩnh vực bảo vệ môi trường; tham gia đào tạo đại học, sau đại học tại một số cơ sở đào tạo tại TP.Hồ Chí Minh; tham gia tập huấn về nghiệp vụ và nâng cao nhận thức về môi trường cho nhiều bộ, ngành và địa phương. PGS.TS. Phùng Chí Sỹ hiện nay là phó chủ tịch Hội Bảo vệ thiên nhiên và Môi trường Việt Nam, Ủy viên thường vụ Hội Nước và Môi trường TP.Hồ Chí Minh.